질의와 같이 지배주주와 특수관계가 있으나 주식을 보유하고 있지 아니한 경우 「조세특례제한법 시행규칙」제7조 단서의 주주인 임원에 해당하지 아니하므로

귀 사례의 전담요원의 인건비는 연구인력개발비 세액공제 대상에 해당되는 것입니다.

[참고 법령 및 예규]
*조세특례제한법 시행규칙 제7조 【(연구 및 인력개발비의 범위)】
③ 영 별표 6의 제1호가목1)에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원(산업디자인전문회사의 경우 연구업무에 종사하는 「산업디자인진흥법 시행규칙」 제9조제1항제1호에 따른 전문인력을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말한다. 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다. 

<개정 2008.4.29, 2009.4.7, 2010.4.20, 2011.4.7, 2012.2.28, 2014.3.14, 2019.3.20>
1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자
2. 당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주
3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 「소득세법 시행령」 제98조제1항 또는 「법인세법 시행령」 제2조제5항에 따른 특수관계인. 이 경우 「법인세법 시행령」

제2조제5항제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다.