사업자가 건물을 신축하기 위하여 건축물이 있는 토지를 취득하고 그 건축물을 철거하는 경우 철거한 건축물의 취득가액은 「부가가치세법 시행령」 제80조제2호에 의한 토지의 자본적 지출에 해당하므로 관련 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않는 것입니다.

다만, 건물을 취득한 후 상당한 기간 동안 부가가치세 과세사업에 사용하다가 철거한 경우로서 철거한 건물의 취득가액과 관련된 매입세액은 토지의 자본적 지출에 관련된 매입세액에 해당하지 아니하는 것이나, 이에 해당하는지 여부는 취득 후 과세사업 사용현황 등 사실관계를 종합하여 판단하여야 할 사항입니다.

※ 관련법령

○ 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제80조 【토지에 관련된 매입세액】

법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액