기한후 신고를 하는 경우에는 중소기업특별세액감면이 배제됩니다.

따라서 정기 신고기한인 2021년 5월 31일 이후에 해당한다면 중소기업특별세액감면을 적용받지 못할거 같습니다.

※관련규정

 조세특례제한법 제128조 ②

 「소득세법」 제80조 제1항 또는 「법인세법」 제66조 제1항에 따라 결정을 하는 경우와 「국세기본법」 제45조의3에 따라 기한 후 신고를 하는 경우에는 제6조, 제7조, 제12조 제1항·제3항, 제12조의2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항, 제62조 제4항, 제63조 제1항, 제63조의2 제1항, 제64조, 제66조부터 제68조까지, 제85조의6 제1항ㆍ제2항, 제96조, 제96조의2, 제96조의3, 제99조의9 제2항, 제99조의11 제1항, 제99조의12, 제102조, 제104조의24 제1항, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제121조의20 제2항, 제121조의21 제2항, 제121조의22 제2항을 적용하지 아니한다.

조세특례제한법 제7조 (중소기업에 대한 특별세액감면)

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2022년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액(제3호에 따라 계산한 금액을 한도로 한다)을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.